Lääketieteenkandidaattiseuran jäseniä voivat olla kaikki lääketieteen opiskelijat Helsingin yliopistossa. Lääketieteellisessä tiedekunnassa vuosikursseja nimitetään kreikkalaisten aakkosten mukaan; alfa, beeta, gamma, delta, epsilon ja zeeta. Vuosikurssin aseman nimityksen lisäksi jokaisella vuosikurssilla on oma, itse päättämänsä, latinankielinen nimi.
Vuosikursseilla on omat vastuuhenkilönsä, joista näkyvimmät ovat kurssikapteenit ja juhlapomot: kurssikapteenit edustavat kurssia virallisissa yhteyksissä ja vastaavatkin kurssin kouluasioista ja koulutustapahtumista, ja juhlapomot huolehtivat kurssin sosiaalisista asioista järjestämällä virkistysiltoja vuosikurssilleen, sekä toisten vuosikurssien kanssa.
Valtuuskunnan vaalit järjestetään syksyisin, ja vuosikurssit perinteisesti muodostavat omat vaaliliittonsa. Vaalivastaavina toimivat tavallisesti kurssien isännät. Valtuuskuntaan valitaan 21 varsinaista ja 8 varajäsentä, ja vuosikurssit ovat melko tasaisesti edustettuina. Valtuuskunta valitsee ensimmäisessä kokouksessaan joulukuussa Seuran hallituksen. Hallitushakijoiden ei tarvitse olla valtuuskunnan jäseniä.
Hallitukseen kuuluu 6 varsinaista jäsentä ja vuonna 2024 15 virkailijaa, jotka osallistuvat hallituksen kokouksiin. Lisäksi on valiokuntiin sidottuja virkailijoita, joita hallituksen kokouksissa edustaa valiokunnan puheenjohtaja. Hallituksen jäsenillä on tehtävästään riippuen aktiivisia valiokuntia, ja valiokuntia ja niiden alaisia virkailijoita perustetaan tarpeiden mukaan.
Lääketieteenkandidaattiseuran kerhoja pyörittää jäsenistö. Kerhot voivat hakea kerhotukea ja projektirahaa ainejärjestöltä, ja avustussummien suuruudesta päättää valtuuskunta. Osa Seuran kerhoista on kerännyt suurta suosiota, ja kerhot ovat muodostaneet omat rekisteröityneet yhdistyksensä, kuten Lääkiksen speksi ry ja Valkotakit ry.
Lääketieteenkandidaattiseura on Suomen Medisiinariliiton jäsen. Suomen Medisiinariliitto on kaikkien suomalaisten lääketieteen opiskelijoiden edunvalvonnallinen kattojärjestö, jolla on kaksi liittokokousta vuodessa.